《幽浮2》剧情衔接前作，自世界各大国向外星势力宣布无条件投降，已经过去了20年。XCOM，地球上最后的防线也早已支离破碎。外星人统治地球，建立起灯火闪耀的城市，表面上向那些无知的人们许诺一个美好的未来，背地里却图谋着外星人的“化身计划”，这是一个利用人类DNA作为粘合剂，组建成一个模板，然后加入外星人DNA来实现各种物种的创造，以及外星人自身的进化和生存的终极计划。
外星人以雷霆手段清除所有反抗的人类。只有在世界边缘的幸存者还呼吸着自由的空气，在这里，一股新的力量正在悄然升起，为仅剩的XCOM力量奔波，寻找废墟中重生的机会，去将外星人的险恶阴谋公之于众，并将他们彻底赶出地球。
