主人公以新生的身份来到了深山里一所耸立着大型钟塔的全住宿制学园。然而，他在第一天上学就突然被卷进麻烦里面，毁坏了学园门口一个样子很贵重的像。在学园长所下达的、以劳动一段时间来作为赔偿的指示下，主人公与作为麻烦的源头的一个男学生一起，被分配到“特殊事案调査分室”。当他们来到巨大的地下图书馆内部的分室房间时，里面正有一个冷淡的少女在等着他们。少女告诉他们，这个学园存在正真意义上的魔法。随着钟塔之声的响起，“夜晚世界”出现在学园，并和校舍化为一体。而分室的工作则是解决发生在学园中的各种魔法问题
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